標準體系對加工過程要素的覆蓋不夠全面
我國禽蛋標準無論是國家標準還是行業標準，都是以產品標準和產品檢驗標準為主，而涉及加工過程要素的標準很少。例如禽蛋加工原料質量和分級標準缺乏；保證蛋品加工工廠設施衛生、員工衛生健康及環境衛生方面的GMP（良好操作規范）不完善；蛋品分級標準缺乏，不利于檢驗、認證及實現優質優價；蛋品物流標準缺少，存在著安全隱患，不合格的包裝及運輸過程破損交叉污染。尤其近些年，由于超市的發展，蛋品加工迅速發展，超市中還以鮮蛋銷售為主，有包裝、每枚蛋上打上生產日期的品牌雞蛋不多見，急需有相關標準和操作規程保證其質量與安全。
標準體系內標準的配套性較差
商檢行業標準多數是出口產品檢驗規程，這類標準的適用范圍有限，而且在國家標準和其他行業標準中，這些出口產品的質量標準大多數沒有。反映了標準體系的不配套性和不完善性。
例如，根據SN 0128-92 《出口蛋及蛋制品中六六六、滴滴涕的殘留量檢驗方法》，給出蛋品殘留限量的農藥有2種，NY 5039-2005《無公害食品 鮮禽蛋》給出禽蛋殘留限量的獸藥有5種，與飼料作物種植常用的上百種農藥和動物治療用藥相比，限量標準還不夠全面。因此，需要制定一些農獸藥多殘留檢驗方法標準。
標準內容重復或指標不銜接
我國已有的關于禽蛋的生產、加工的標準，涉及到了禽蛋的生產、包裝、運輸、產品加工、檢驗檢測等內容，但是標準的制定機構很多，造成標準各成體系，既不完善，又有交叉。
目前，國際上均將各種禽蛋作為一類產品進行統一規定，而我國卻分門別類的進行規定，其目的是為了保證產品標準間的銜接，但標準中內容重復現象嚴重；而另一方面為了有所區分，在標準中刪、改、增添一些指標，其結果是導致指標間的不銜接，增加了實際工作中的難度。
自上世紀80年代中期至2005年，我國共頒布了7項禽蛋方面的國家標準，其中4項與衛生標準有關：GB 2748-2003《鮮蛋衛生標準》、GB 2749-2003《蛋制品衛生標準》、GB/T 5009.47-2003《蛋與蛋制品衛生標準的分析方法》、GB/T 4789.19-2003《食品衛生微生物學檢驗 蛋與蛋制品檢驗》。這些標準既有交叉，又不完善，嚴重制約了其在實際生產中的應用。
